代表法鼓山僧俗善信，轉達對太魯閣號花蓮隧道傷難者的關切慰問，方丈和尚果暉法師於4/3清晨搭機前往花蓮，為尚在當地醫院救治和殯儀館的傷亡民眾及親友，以佛法帶來心靈安穩。

方丈和尚抵達花蓮後，隨即前往殯儀館周圍家屬等候區，關懷上百位焦急不安的罹難者親友。面對心情悲慟的民眾，方丈和尚逐一躬身慰問，表示「受苦受難，示現生命無常的都是大菩薩」，而生命也是多生多世的，價值不在於長短，未來仍有因緣。方丈和尚並以佛珠與大眾結緣，勸請一同念佛迴向。
法鼓山僧團也應邀於3日下午1點，前往「0402太魯閣408車次火車事故罹難者靈堂」，由方丈和尚主法超薦佛事，帶領臺東、花蓮、宜蘭等地的法師和義工，以及邀請此次事故罹難者的親友，共同祈禱諸佛菩薩慈悲接引，讓罹難者能夠放下一切驚恐與牽掛，平安無礙地往生善處。回顧災後當下，法鼓山護法總會花蓮分會近40位義工，秉持方丈和尚「以平安心祝禱，以善念、善願關懷」的指示，立即協調各組，同步前往事故點、醫院及殯儀館等待區，持續助念、關懷至隔日凌晨時分；在場民眾與慈善團體也加入助念行列，共同安定人心。義工陳曉婷說，我們第一時間能做的就是陪伴，主動伸出手去護念需要幫助的人。
而由於傷亡乘客多為返鄉民眾，信行寺監院常覺法師也主動慰訪無法面對親人突然罹難的鄉親，並派請多位法師從臺東趕赴花蓮，為遇難傷亡的鄉親祈福。常覺法師表示，罹難者親眷直喊「心很痛」，令人深感不捨，寺方會配合政府和社工單位，陪伴悲慟不安的民眾，共同學習用佛法平穩心靈。
法鼓山全球信眾則是齊心祈願，紛紛透過官方網站、社群集氣留言與持咒祈福，要為受難同胞祝禱平安無事；各分寺院也在清明法會及佛堂，為傷難者書立消災、超薦牌位。關懷院監院常哲法師也啟動全臺連線助念，各地蓮友們不分區域，配合發起念佛迴向，祈願亡者超昇離苦、傷者順利康復。
法鼓山慈基會於得知災情時，立即透過災害關懷組設立人力、物資統籌平台，提供「安心、安身」的長期支援；秘書長常順法師、蘭陽分院監院常法法師並連夜趕往花蓮殯儀館，為徹夜守候助念、慰訪的義工們表達感恩，同時也陪同方丈和尚逐一關懷，提供民眾心靈安定的支持，並瞭解傷亡者家眷後續「安家、安業」方面的需求。
多次協助災後心理關懷的常法法師說，此次罹難者，許多是人生、感情正當開始的年輕人，他們的親友正處在無法言語的悲慟；因此在場只能先以陪伴，同理傾聽他們的故事。而佛法本就是面對、處理生死問題，等到家屬漸能接受生命無常後，才能試著以理性引導家屬用感謝和祝福的心，謝謝曾經共同創造的美好回憶，如今已圓滿人生的任務，祝願放下擔憂與恐懼，依著善願和信仰，往生到幸福的地方。